З 2000 р. Пилипишин С.І. працювала в Бережанському агротехнічному інституті на посадах асистента і старшого викладача кафедри гуманітарних дисциплін. У 2010 р., захистивши кандидатську дисертацію, очолила кафедру української та іноземних мов. Після створення в 2014 р. Бережанського агротехнічного коледжу, призначена в.о. директора, а в 2015 р., за результатами конкурсу, обрана директором коледжу.

На посаді директора коледжу Пилипишин С.І. провадить свою діяльність з дотриманням вимог Законів «Про освіту» та «Про вищу освіту», Статуту Університету, Положення про коледж та інших нормативних документів.

Є членом ради директорів закладів вищої освіти І-ІІ рівнів акредитації Тернопільської області. На базі коледжу проводяться засідання обласних методичних об’єднань та інші заходи, ініційовані головою ради.

Пилипишин С.І. брала участь в парламентських слуханнях «Правове забезпечення реформи освіти в Україні».

Переймала міжнародний досвід щодо організації навчального процесу, інноваційних методів та технологій навчання у Міжнародному унверситеті Шиллера (м. Париж, Франція). Брала участь у Міжнародному навчальному семінарі «Інноваційні методи та технології організації навчального процесу. Дуальна система освіти як один із методів реформування системи підготовки фахівців для аграрного сектору» (м. Лейпциг, Німеччина).

Пилипишин С.І. і очолюваний нею колектив беруть активну участь у громадському житті та розвитку благодійності міста і району.